Kogu pikkuses laevatatav Emajõgi ning temaga ühenduses olevad jõed ja järved on lisaks harrastuskalastajate poolt üheks enimkülastatud kalakohaks olemisele olulised veekogud ka looduskaitse vaates. Oma teekonnal voolab Emajõgi läbi mitme looduskaitseala, kus kehtivad kaitse-eeskirjad seavad mitmeid piiranguid nii liiklemisele, viibimisele kui kalastamisele. Kus, millal ja mida teha tohib, seda järgnevalt vaatlemegi.